Durch eine Untersuchung zum Tod seiner Tochter erfährt der ehemalige Agent Sam Fisher, dass sein ehemaliger Arbeitgeber, Third Echelon, ihn verraten hat. Als abtrünniger Agent beginnt für Fisher nun ein Wettlauf gegen die Zeit, in dem er die üblen Pläne einer Terrororganisation vereiteln will, die Millionen von Menschen bedrohen.